Communication microbiote végétal

La densité racinaire du microbiote végétal est estimée à 10⁸-10⁹ microbes par gramme de sol. Elle peut atteindre la valeur de 10¹⁰ microbes à la surface des racines matures exsudantes (rhizoplan) où se développe souvent des biofilms. Sa diversité serait supérieure à 30 000 espèces bactériennes.

A cause de cette hétérogénéité et des rejets anthropiques, le microbiote végétal héberge aussi des isolats appartenant aux espèces pathogènes humaines opportunistes ou non. Le génome collectif de cette communauté est ainsi considéré comme un second génome de l’hôte eucaryote (notion d’holobionte).

Ce microbiote développe avec la plante hôte diverses relations bénéfiques, neutres ou délétères, qui peuvent être exploitées à des fins de protections des cultures (biocontrôle), environnementales (réduction des intrants) et sanitaires (qualité et innocuité des aliments).

Nos travaux concernent les interactions entre partenaires de la rhizosphère, notamment les communications intercellulaires à l’origine des comportements sociaux bactériens (e.g. synchronisation populationnelle de la virulence, synthèse des biofilms).

Plus particulièrement, nous étudions les communications quorum-sensing médiées par des signaux moléculaires diffusibles ou volatiles, ainsi que les échanges d’effecteurs portés par les systèmes de sécrétions de type III et VI. Dans ce cadre, le corollaire consiste à développer des stratégies innovantes de biocontrôle visant à brouiller ces communications en ciblant à la fois les messages (e.g. quorum-quenching) et les messagers (e.g. T6SS killing, antibiose). Les stratégies développées visent ainsi à maîtriser, voire annihiler, la coordination et la virulence des agents pathogènes.