Omic
Le plateau de génomique apporte une expertise dans les techniques de séquençage de 2ème (Illumina - Miseq) et 3ème (Oxford Nanopore Technologies - MinION) générations. Ce plateau est intégré dans la Plateforme de Sécurité Sanitaire d'Evreux (PS2E).
- gestion des échantillons et extraction des acides nucléiques.
- préparation et contrôle qualité des librairies de séquençage.
- monitoring des runs de séquençage et gestion des données.
Il propose également un appui en analyses bioinformatiques et biostatistiques des grands jeux de données biologiques :
- stockage et calcul haute performance.
- études génomiques, métagénomiques, transcriptomiques, protéomiques et métabolomiques.
- approches phylogénétiques/phylogénomiques.
L'ensemble de ces compétences/applications est exploité dans le cadre de collaborations ou de prestations de service : les services du plateau sont accessibles aux membres de l’Unité de Recherche CBSA, mais également aux extérieurs (académiques et industriels). Il participe au montage, à la réalisation et au suivi des projets à thématique "génomique".
Références :
- Cuny et al., 2021, 10.1099/ijsem.0.005070
- Clabaut et al., 2021, 10.1038/s41598-021-91017-5
- Boukerb et al., 2020, 10.1128/MRA.00045-20
Contact : Amine Boukerb, amine.boukerb@univ-rouen.fr