Risques microbiologiques et résistance aux antibiotiques

Les recherches menées dans le champ thématique « Risques Microbiologiques et Résistance aux Antibiotiques » de l’UR CBSA ont pour objectif d’aider à comprendre les risques associés aux bactéries, qu’ils soient associés à leur hôte, ou à leur environnement.

Un premier axe de recherche s’intéresse aux mécanismes par lesquels des bactéries commensales deviennent pathogènes (parfois indépendamment de leurs facteurs de virulence) notamment par les interactions biotiques ou abiotiques qu’elles entretiennent avec leur environnement direct.

Un deuxième axe vise à étudier l’utilisation de bactéries comme senseur de risques environnementaux via l’étude de l’impact des pollutions environnementales sur leur physiologie et leur virulence.

Les entérocoques sont considérés comme des pathobiontes pour lesquels la compréhension de la transition commensalisme-opportunisme est essentielle : elle permettrait de mieux appréhender les infections (souvent nosocomiales) dues à ces micro-organismes.

Dans ce contexte, notre équipe étudie la manière dont le métabolisme et le stress oxydant des entérocoques peuvent impacter leur capacité de colonisation, leur virulence et leur antibiorésistance, mais également influer sur la santé de l’hôte, et comment en retour les signaux de l’hôte peuvent favoriser la virulence bactérienne. Cet axe de recherche est en lien avec le champ thématique « communication dans le microbiote humain ».

Nos recherches ont également pour objectif de rechercher de nouvelles cibles thérapeutiques permettant d’élaborer de nouveaux traitements contre les bactéries résistantes (molécules anti-virulence et/ou anti-résistance), en lien avec le champ thématiques « stratégies anti-infectieuses ».

Concernant les risques liés à l’air, notre équipe étudie l’impact de la pollution environnementale (automobile telle que les NOx ; UV) sur les bactéries aéroportées de l’environnement, et également sur les bactéries pathogènes (en lien avec le champ thématique « enveloppe et senseurs » développé dans notre unité).

Nos modèles sont ainsi utilisés pour évaluer l’impact de suies et d’atmosphères engendrées lors d’accidents du type de la catastrophe industrielle chimique de Lubrizol survenue à Rouen en septembre 2019. La viabilité bactérienne constitue un biosenseur qui nous permet d’évaluer les risques dus aux pollutions de l’environnement.

Nous étudions également l’incidence des nanoparticules trouvées dans les produits manufacturés sur le microbiote, et leurs risques pour la santé.

Enfin, nous utilisons les bactéries résistantes aux antibiotiques retrouvées dans l’environnement comme les cours d’eau pour tracer les sources de dissémination (à l’origine de la problématique de la transmission des gènes de résistance) pour parfaire la mise au point d’outils de diagnostic permettant de suivre les contaminations bactériennes.